故事的舞台就是武藤游戏等人曾经活跃过的、几十年后的童野镇。在未来的童野镇拥有最新式设备的体育场中，流行的是一种以骑乘最先进的决斗卡片，通过赛车的形式进行比赛的「Lighting Duel」，故事就是以新主角不动游星展开的……
《游戏王5D’S》以游戏所在时代的数十年后的未来世界为舞台，地点在“童实野町”，讲的是18岁的主角不动游星集齐5龙卡的全新故事！ 在「5D'S」的时代，十分流行以骑乘型最新决斗盘进行的高速决斗！游星与使用决斗盘和卡片游戏组合的竞技之王杰克·阿特拉斯进行对决。另外还有一旦战斗就会发挥出超能力的谜般少女十六夜，以及仰慕游星的双生子：哥哥龙亚与妹妹龙可，从小就投入到了激战中去。他们会为大家带来什么样的精彩战斗场面呢？